有个小典故不知道题主是否知道，usr的并不是user的意思，而是unix system resrouces，这一点有助于理解/usr这个子文件系统。
/usr/bin:
几乎所有的系统可执行文件都会安装在这里
/usr/local/bin：则是可以存放一些系统用户自己特定的可执行文件，不用担心会被系统升级之类的行为覆盖，破坏，这个目录不是必须的
在ubuntu下，直接通过apt-get安装的软件一般会在/usr下面，自己编译安装的软件（或者通过一些其他的非官方途径）会在/usr/local下面
两个文件夹都是有效的，主要是看路径配的是哪一个
以PATH举例来说，如果/usr/local/bin在前面，就会优先选用里面的对应的文件来执行；当然一般来说/usr/bin是默认在前面，或者干脆默认没有把/usr/local/bin放在路径里
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